真菌18S ITS检测
检测内容
和细菌不同，真菌鉴定一般依据形态学特征（最好有有性阶段）和分子特征（ITS, actin, bata-tublin等保守基因序列），而18S rRNA和ITS区间序列则是目前数据库较为完整的检测对象。
18S rRNA基因测序: 18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，反映样品中真核生物之间的种类差异。
ITS测序: 该类测序主要对微生物中的真菌多样性进行分析。
| 鉴定物种 | 目标区域 | 长度 | 引物序列 | 推荐平台 |
|---|---|---|---|---|
| 真菌 | ITS1 | 350bp | ITS1F/ITS1R | illumina |
| 真菌 | ITS2 | 400bp | ITS2F/ITS2R | illumina |
常用引物列表
实验和数据分析流程
客户只有一种分组：
客户有多种比较：
多元分析组图：
送样注意
送样要求：
送样时请尽量使用冰盒（泡沫盒+干冰+冰袋），以保证运输过程中的低温条件（干冰的挥发消耗量约为3公斤/天）。在打包时先放入足量的干冰，之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙，为了保持冰盒中的低温环境，建议采用厚一点的泡沫盒。
若无法实现低温保存，可以采用格微生物科技（上海）有限公司研发的微生物DNA常温保存液，可以实现微生物样本的常温保存和运输。
取样建议：
| 类型 | 样本 | 重量或体积 |
|---|---|---|
| 环境 | 土壤 | 1g |
| 环境 | 海水 | 500ml |
| 环境 | 污水 | 50ml |
保存条件（二选一）:
1、-80冰箱冻存；
2、采购上海格微生物 采集保存套装，可常温保存15天
生物学重复：
土壤样本，每组至少3个，建议5个以上。
文献参考
1，The 18S ribosomal RNA m6 A methyltransferase Mettl5 is required for normal walking behavior in Drosophila. EMBO Rep. 2020 Apr 29:e49443. doi: 10.15252
2，Comparative analyses of the V4 and V9 regions of 18S rDNA for the extant eukaryotic community using the Illumina platform. Sci Rep. 2020 Apr 16;10(1):6519. doi: 10.1038/s41598-020-63561-z.
