介绍：

宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。

目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。

实验方法：

1.  检测平台：二代高通量平台：Illumina平台；

2.  实验和数据分析流程：

结果展示：

多元分析组图

送样要求：

送样时请尽量使用冰盒（泡沫盒+干冰+冰袋），以保证运输过程中的低温条件（干冰的挥发消耗量约为3公斤/天）。在打包时先放入足量的干冰，之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙，为了保持冰盒中的低温环境，建议采用厚一点的泡沫盒。

若无法实现低温保存，可以采用格微生物科技（上海）有限公司研发的微生物DNA常温保存液，可以实现微生物样本的常温保存和运输。

取样建议：

保存条件（二选一）：

1、-80冰箱冻存；

2、采购上海格微生物 采集保存套装，可常温保存15天

生物学重复：

人体粪便样本，每组不低于30例为宜

小鼠粪便样本，每组不低于6只为宜

文献参考：

Alexandra Zhernakova et al. Science 2016;352:565-569，

人群肠道微生物宏基因组揭示肠道菌群多样性及相关因素因素。

样品采集：本研究采集1179名来自荷兰北部普通人的粪便(-80℃保存），并检测3种粪便生化指标（钙网蛋白、人β防御素2 和嗜铬粒蛋白A）、6种血浆细胞因子和血浆瓜氨酸水平。

分组信息：将207个影响菌群的因素分为5组：41个宿主内在因素、39种患病类型、5种吸烟状况、78种饮食方式和44服药种类。

检测方案：宏基因组测序，3.0Gb/样品； 16S 单V4区分析