介绍：

细菌全基因组检测，是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列，并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同，我们提供了细菌扫描图和完成图两种不同的解决方案。

全基因组测序的优略：

1，包含微生物的全部遗传信息，相比16S除了分类信息外还有更多的基因信息。

2，功能基因研究可以找到特定环境下富集的功能基因。

缺点：

1，相对靶基因来讲，测序深度低，冗余信息多

2，成本高，计算机的要求高，数据分析难度高

实验方法：

检测平台：二代高通量测序平台，三代高通量测序平台

目前的三大数据库：Silva（v119）、RDP、GreenGene。

结果展示：

代谢通路分析

送样要求：

送样时请尽量使用冰盒（泡沫盒+干冰+冰袋），以保证运输过程中的低温条件（干冰的挥发消耗量约为3公斤/天）。在打包时先放入足量的干冰，之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙，为了保持冰盒中的低温环境，建议采用厚一点的泡沫盒。

取样建议：

纯菌株，提供平板或者15ml菌液

文献参考：

1.Whole genome sequencing analysis for cancer genomics and precision medicine.Cancer Sci. 2018 Mar;109(3):513-522. doi: 10.1111/cas.13505. Epub 2018 Feb 26.

2.Whole genome sequencing of breast cancer. 2019 May;127(5):303-315. doi: 10.1111/apm.12920. Epub 2019 Jan 28.