宏基因组
介绍:
宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。
目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点,加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落,挖掘更多基因资源方面的应用。


PCA主成份分析

样本微生物组成成份分析





多元分析组图
送样要求:
送样时请尽量使用冰盒(泡沫盒+干冰+冰袋),以保证运输过程中的低温条件(干冰的挥发消耗量约为3公斤/天)。在打包时先放入足量的干冰,之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙,为了保持冰盒中的低温环境,建议采用厚一点的泡沫盒。
若无法实现低温保存,可以采用格微生物科技(上海)有限公司研发的微生物DNA常温保存液,可以实现微生物样本的常温保存和运输。
取样建议:
类型 | 样本 | 重量或体积 |
---|---|---|
人体 | 粪便 | 3g |
动物 | 粪便 | 3g,最少0.1g |
保存条件(二选一):
1、-80冰箱冻存;
2、采购上海格微生物 采集保存套装,可常温保存15天
生物学重复:
人体粪便样本,每组不低于30例为宜
小鼠粪便样本,每组不低于6只为宜
Alexandra Zhernakova et al. Science 2016;352:565-569,
人群肠道微生物宏基因组揭示肠道菌群多样性及相关因素因素。
样品采集:本研究采集1179名来自荷兰北部普通人的粪便(-80℃保存),并检测3种粪便生化指标(钙网蛋白、人β防御素2 和嗜铬粒蛋白A)、6种血浆细胞因子和血浆瓜氨酸水平。
分组信息:将207个影响菌群的因素分为5组:41个宿主内在因素、39种患病类型、5种吸烟状况、78种饮食方式和44服药种类。
检测方案:宏基因组测序,3.0Gb/样品; 16S 单V4区分析